1、培养目标差别
专业学位硕士：主要侧重培养学员的专业技能方面的提升与应用，而不是科学研究，所以比较重视实践及应用。因此之后的主要从事：工程师、医师、教师、律师等。
学术学位硕士：其以学术研究为导向，偏重理论和研究，培养大学教师和科研机构的研究人员。
2、招生专业差别
专业学位硕士：包括金融、应用统计、税务、国际商务、保险、资产评估、审计、法律、社会工作、警务、教育、体育、汉语国际教育、应用心理、翻译、新闻与传播、出版、文物与博物馆、建筑学、工程、城市规划、农业推广、兽医、风景园林、林业、临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学、中药学、中医、军事、工商管理、公共管理、会计、旅游管理、图书情报、工程管理、艺术等，共计40个专业。
学术学位硕士：包括哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学、艺术学13大学科，及其下设的一级学科、二级学科，涵盖所有的专业方向。
3、导师制度差别
专业学位硕士：实行双导师制，由校内导师与校外导师构成。校内导师主要以教授理论知识、学术指导为主，而校外导师则以培养技能、指导实践为主，并参与实践过程、项目研究、课程与论文等环节的指导工作。
学术学位硕士：实行单导师制，导师全面参与研究生的课程学习、课题研究指导、学位论文指导等，并对学员学位论文进行全面、客观、准确的评价，并提交给学位评定委员会，申请答辩。
4、学位论文差别
专业学位硕士：必须强化应用导向，形式可多种多样。鼓励采用调研报告、规划设计、产品开发、案例分析、项目管理、文学艺术作品等多种形式。
学术学位硕士：强调科学理论研究与原创学术创新，形式相对传统，一般为学术性论文。
5、读博方式差别
专业学位硕士：一般不能硕博连读或直博，硕士毕业后若进行考博，请咨询招生单位了解相关政策。
学术学位硕士：可以通过自己的导师直接读博，不用参加全国统考，也就是我们所说的直博或者硕博连读。
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