双一流建设学科：作物学、农业资源与环境。南京农业大学有国家级一级重点学科4个：作物学、农业资源利用、植物保护、兽医学。其中作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理4个学科在学科评估中获评A+。二级国家重点学科3个：蔬菜学、农林经济管理、土地资源管理。其中，公共管理、食品科学与工程、园艺学三个学科获评A。
学校有国家重点实验室作物遗传与种植创新国家重点实验室，有17个博士授权一级学科，15个博士后流动站，有64个本科专业，国家级特色专业：农学、农林经济管理、动物医学、植物保护、农业资源与环境、动物科学、土地资源管理、食品科学与工程、园艺、生物科学、农业机械化及其自动化。农学院是南京农业大学保研率最高的学校达到55%以上，本科专业种子科学与工程、智慧农业是依托作物学、农业信息学、生物信息学和农业工程，江苏省重点交叉学科及优势学科全国首个智慧农业本硕博一贯式人才培养模式。
人工智能学院的专业是所有专业中投档分数最高的专业，本科专业有计算机科学与技术、人工智能、数据科学与大数据技术都是南京农业大学投档分数高的专业，人工智能专业是首批全国农业高校唯一的人工智能专业，投档分数在12000到15000之间。
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